I folkeskolelovens § 45 er skolelederens beføjelser beskrevet. Skolelederen har den administrative og pædagogiske ledelse af skolen. Skolelederen er ansvarlig for skolens virksomhed over for skolebestyrelsen og kommunalbestyrelsen. Skolens leder er lærernes nærmeste foresatte, og skolelederen har ansvaret for arbejdets fordeling mellem lærerne.

Skoleledere skal følge de principper, som skolebestyrelsen har fastlagt.

Skolelederen træffer alle konkrete afgørelser, der vedrører skolens personale og elever. Skolens daglige ledelse omfatter på mange skoler desuden en viceskoleinspektør, der har souschefbeføjelser (stedfortræder). Skolens ledelsesteam kan desuden omfatte afdelingsledere, der under ansvar over for skolens leder har den daglige ledelse af en afdeling af skolen.

Skolelederens selvstændige beføjelser er blevet styrket gennem en række lovændringer i de senere år. De konkrete beslutninger vedrørende skolens elever er skolelederens selvstændige kompetence, og hans beslutninger kan ikke ankes til anden instans.

Skolelederen indgår som udgangspunkt  i et almindeligt over-/underordnelsesforhold i den kommunale organisation, dvs. at kommunalbestyrelsen kan give tjenestebefalinger til skolelederen som til alle andre ansatte. Når skolelederen træffer konkrete beslutninger vedrørende skolens elever, udøver han denne beføjelse som en selvstændig kompetence. Dette indebærer, at disse beslutninger ikke kan behandles af kommunalbestyrelsen, dvs. kommunalbestyrelsen kan ikke ændre sådanne beslutninger, hverken på eget initiativ eller i en prøvelsessituation, eller i øvrigt give konkrete tjenestebefalinger herom. Skolebestyrelsen kan vedtage principper omkring disse områder, som lederen skal følge. Det kan eksempelvis være principper om betingelserne for flytning af en elev til en anden skole.

Se også under Personsager hvordan grænserne er trukket mellem skolebestyrelsens og skolelederens råderum

Læs Undervisningsministeriets spørgsmål og svar om klage over skolelederens beslutninger